16 февраля 1990 года на учредительной конференции в г. Хабаровске была создана региональная общественная организация «Ассоциация народов Севера и Приамурья Хабаровского края». Был утвержден устав Ассоциации, сформированы руководящие органы. Председателем правления Ассоциации был избран Юрий Александрович Самар. На этом посту он пробыл с марта 1990 по март 1991 года. Вскоре после учреждения общероссийской Ассоциации Ю.А. Самар создал Фонд коренных народов Севера России и переехал на работу в Москву.
29 марта 1991 года на II конференции организация была переименована и стала называться Ассоциацией коренных малочисленных народов Севера Хабаровского края. Президентом был избран Николай Семенович Сипин. Он стоял во главе Ассоциации с 1991 по 1996 год и приложил много сил для становления организации.
На посту главы Ассоциации его сменил Владимир Владимирович Дигор (1996–1998 годы).
В 1998 году президентом избрана Галина Михайловна Волкова, руководившая организацией по май 2007 года. За этот период, благодаря ее активной многосторонней деятельности, Ассоциация завоевала авторитет как на краевом, так и на российском и международном уровнях.
28 мая 2007 года организацию возглавила Любовь Владимировна Пассар и успешно проработала до 27 мая 2015 года.
27 мая 2015 года на IX Съезде Ассоциации президентом избрана Любовь Александровна Одзял.
С 11 апреля 2008 года при Ассоциации работает Совет старейшин, который возглавил Н.С. Сипин — экс-президент АКМНС. 8 февраля 2016 года председателем Совета старейшин избран Иван Андреевич Бельды.
С 2002 года при Ассоциации действовал молодежный центр «Феникс Амура», объединивший молодое поколение коренных народов. 13 декабря 2012 года создано Хабаровское краевое молодежное общественное движение «Феникс Амура». 26 ноября 2015 года оно преобразовано в Хабаровскую краевую молодежную общественную организацию коренных малочисленных народов Севера «Феникс Амура» с правами юридического лица. Президентом организации избран Евгений Шумилов, его сменил на этом посту Виктор Шиляев.
За этими короткими датами истории создания и развития Ассоциации стоит неутомимая и ответственная работа многих сотен представителей коренных народов Хабаровского края: руководителей и членов общин, развивающих традиционные виды хозяйственной деятельности, руководителей и членов городских и районных общественных организаций коренных народов, деятелей в области языков, культуры и искусства, сохраняющих самобытную культуру наших народов. Мы чтим память о тех, кого сегодня нет с нами рядом.
Поздравляю всех представителей коренных малочисленных народов Севера Хабаровского края с днем образования Ассоциации. Желаю крепкого здоровья, благополучия и удачи во всех добрых делах, оптимизма и большого счастья!
Председатель Совета старейшин Ассоциации,
главный эксперт Законодательной Думы края по правам
коренных малочисленных народов Севера, Сибири
и Дальнего Востока Российской Федерации
И.А. Бельды